Das Ziel des Innovationscontrollings ist die problem-adäquate Planung und Kontrolle von komplexen und langdauernden Innovationsprozessen. Die relevanten Instrumente des Innovationscontrollings sind entwickelt wurden, um Innovationsprozesse zweckorientiert managen zu können. Kontinuierliche Projekt-Evaluation soll Informationen in jeder Innovationsphase liefern, um zu entscheiden, ob das Projekt fortgesetzt oder gestoppt wird. Dabei ist die Verbesserung der Effektivität und Effizienz von F&E ein wichtiges Ziel im Hinblick auf die Bewertung von Kosten, Risiken, Ressourcenallokation und künftige Entwicklung.

“F&E muss sich derzeit simultan in Effizienz, Qualität, Flexibilität und Innovativität auszeichnen.” (Enkel/Perez-Freije)

In der Vergangenheit war F&E-Controlling beschränkt auf die Ex-Post-Untersuchung von Budget- und Zeitzuordnungen. Heute steht die Zuverfügungstellung von entscheindenden Informationen im Mittelpunkt des Innovationscontrollings, das das Management effektiv in der Entwicklung erfolgreicher Innovationen unterstützen soll.

Weber/Vinkemeier (2007) identifizieren dabei einen möglichen Beitrag des Controllings zu der zukünftigen Ausrichtung einer Organisation durch:

• Auswahl und Beobachtung von Frühwarnindikatoren
• Koordination und Bericht von Corporate Intelligence durch Lierferung der Schnittstelle zu anderen Unternehmenseinheiten, beispielsweise Kooperation mit dem Innovationsmanagement (Datenaufbereitung Konzentration)
• strategisches Controlling durch Planung, Kontrolle von Annahmen und Prozesse.

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